مترونیدازول در درمان عفونت های بی هوازی (ازجمله عفونت های دندان)، ریشه‎كنی هلیكوباكترپیلوری و عفونت های تك یاخته ای، درمان واژینیت باكتریایی و آکنه مصرف می شود.