كتوكونازول در درمان بلاستومیكوزیز ریوی و منتشر، كاندیدیاز مقاوم مری، حلق ودهان، عفونتهای كاندیدیایی دستگاه ادراری، پنومونی، كاندیدیاز شدید مزمن مخاطی-پوستی وكاندیدیاز مهبلی-فرجی مصرف میشود. كتوكونازول در درمان پیتی ریازیس ورسیكالر، كچلی بدن، كرومومیكوزیس وكوكسیدیوئیدومیكوزیس شدید بهعنوان انتخاب دوم، كچلی اندام های تحتانی و پای مقاوم به گریزئوفولوین، لیشمانیوز جلدی، عفونت های قارچی ناخن و اطراف آن و پنومونی قارچی، سپتی سمی قارچی و اسپورتریكوزیز منتشر مصرف می شود.