فلوكونازول در درمان عفونت های قارچی د‌هان وحلق، مری، پوست،واژن و عفونت های سیستمیك ناشی از كاندیدیاز، کوکسیدیوایدومایکوز و کریپتوکوکوز،برای پیشگیری از عود مننژیت كریپتوكوكی در بیماران مبتلا به ایدز و پیشگیری از بروز عفونت های قارچی در بیماران تحت درمان با پرتودرمانی یا داروهای سیتوتوكسیك مصرف می شود. این دارو ممكن است به عنوان جایگزین آمفوتریسین در درمان عفونت های كریپتوكوكی نیز مصرف شود.

تهوع، استفراغ، دردشكم، سردرد، ضایعات پوستی ، كهیر و خارش،‌ به ندرت كاهش پلاكت های خون، پاراستزی، ترس بیمار از نور، سرگیجه، ریزش مو، آنژیوادم و آنافیلاكسی، سندرم استیون-جانسون از عوارض جانبی این دارو هستند. در صورت مصرف طولانی مدت دارو (بیش از 14 روز) احتمال بروز هپاتیت با آسیب كشنده كبدی وجود دارد.

1- درصورت نیاز به درمان طولانی مدت (بیش از 14 روز) با این دارو، وضعیت كار كبدقبل از شروع درمان، دوهفته پس از شروع درمان و پس از آن به طور ما‌هانه پیگیری شود. 2- درصورت بروز علائم اختلال كار كبد،‌ مصرف این دارو باید قطع شود. 3- درصورت نارسایی كلیه این دارو با احتیاط مصرف شود.